Son muchos los criterios de clasificación que se utilizarán para la denominación de la madera. Así, para denominar los árboles se utilizan términos como conífera, latifoliada, caducifolia, boreal, tropical, etc.
En ocasiones, puede resultar problemático denominar a la madera con su nombre comercial. Puede ocurrir que con un nombre comercial se denominen distintas especies de un mismo género. Por ejemplo, bajo el nombre de Southern yellow pine o pino amarillo del sur se comercializan diferentes especies norteamericanas de propiedades similares.
La clasificación de las plantas puede hacerse utilizando la taxonomía botánica, es decir, la opción de agrupar las plantas por división, clase, orden, familia, género y especie. Por ello, la clasificación de la madera se hará a través de la denominación botánica del árbol, para saber concretamente la madera que le corresponde a cada especie.
En las fichas, junto al nombre común o comercial figurará el nombre científico (género y especie). Así por ejemplo, con el nombre de Pinus sylvestris L., la primera palabra (Pinus) indica el género y la segunda (sylvestris) la especie. La letra L indica la denominación de quien clasificó dichas planta (Linneo). A continuación, aparecerá la familia a la que pertenece el árbol. Y seguidamente, se indicará el grupo arbóreo en función de una clasificación más general.